Molecular Identification of Endophytic Fungi Isolated from Bidara Root (Ziziphus mauritiana Lam.) Using Polymerase Chain Reaction (Pcr)
DOI:
https://doi.org/10.56711/jms.v4i1.994Abstrak
The roots of the bidara plant have the potential as antibacterial agents. The antibacterial compounds in the roots of the bidara plant originate from secondary metabolites produced by endophytic compounds known as endophytic fungi. The purpose of this research is to identify the types of endophytic fungi in bidara roots. The identification of microorganisms can be done through morphology or molecular methods. However, morphological identification alone is unable to depict the morphospecies to the phylogenetic level of a microorganism, thus molecular identification using the Polymerase Chain Reaction (PCR) method is required. This study utilized root isolates from the bidara plant with the sample code IFAZ-6, which, after sequencing, yielded a pair of base pairs measuring 558bp. The results of BLAST and phylogenetic analysis revealed that the IFAZ-6 isolate has a close relationship with the species Clonostachys rosea., which has been recorded in the database with a 100% identity level.
Referensi
Dewi, R., Sutrisno, D., Safitri, M. R. Rasionalitas Penggunaan Antibiotik Pada Pasien Infeksi Saluran Pernapasan Di Puskesmas Rawat Inap Kampung Laut Tahun 2019. Ibnu Sina: Jurnal Kedokteran Dan Kesehatan - Fakultas Kedokteran Universitas Islam Sumatera Utara. 2022;21(1): 91-99.
Budiarto, B. R. Polymerase Chain Reaction (PCR) : Perkembangan dan Perannya Dalam Diagnostik Kesehatan’. BioTrends. 2015;6(2):29–38.
Treasure U. N., Christiana A. C. Maduabuchi E. P., et al. The isolation, identification and antimicrobial activities of endophytic fungi from Azadirachta indica. GSC Biological and Pharmaceutical Sciences. 2020;11(3):115–124. doi: 10.30574/gscbps.2020.11.3.0171.
Tolulope R., Adeyemi A., Erute M., Abiodun T. Isolation and screening of endophytic fungi from three plants used in traditional medicine in Nigeria for antimicrobial activity. International Journal of Green Pharmacy. 2015;9(1):58. doi: 10.4103/0973-8258.150929
Samapti, M. M. S. et al. Isolation and Identification of Endophytic Fungi from Syzygium cumini Linn and Investigation of Their Pharmacological Activities. The Scientific World Journal. 2022:10. doi: 10.1155/2022/9529665.
Panseeta, P., et al. Antiplasmodial and antimycobacterial cyclopeptide alkaloids from the root of Ziziphus mauritiana. Phytochemistry. 2011:72. doi: 10.1016/j.phytochem.2011.03.003
Intan, A. E. K., Zuhro, F., & Ramadhani, R. L. Pharmacological Activities of Ziziphus Maritiana. Infokes. 2021;11(2):456-462.
Ernawati, E., Senari, A. M. H. M., Mellu, Y. E., Boimau, M. P. ‘Agensi Hayati Jamur Endofit Daun dan Batang Apel Timor’. Jurnal Biologi Universitas Andalas. 2023;11(1):23-24.
Mardin, H., Syamsul., Husain, I. H., Akbar, M. N. Isolasi dan Identifikasi Jamur Mikroskopis Pada Ampas Sagu (Metroxylon sagu Rottb.) Sebagai Sumber Belajar Biologi SMA. Jurnal Pendidikan Biologi. 2022;7(1):121.
Zymo Research, D4081. Quick-DNATM MagBead Plus Kit. Instruction Manual Ver.2.1.1. 2023, (Maret): 9. Hal. 6-7
Wirada N, Fitriana, Rusli. Karakterisasi Molekuler Isolat Fungi Endofit IDGG 3 Daun Galing Galing (Cayratia trifolia L.) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction. Fakultas Farmasi, Universitas Muslim Indonesia. 2020.
Kumar, S., Stecher, G., & Tamura, K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets. Molecular Biology and Evolution. 2016;33(7). http://doi.org/10.1093/molbev/msw054
Saitou, N. and Nei, M.. The Neighbor-Joining Method: A New Method for Reconstructing Phylogenetic Trees. Molecular Biology and Evolution. 1987; 4:406-425.
Miller, G. A., R. Baeckwith, C. Fellbaum, D. Gross and K. Miller. Introduction to WordNet: An On-line Lexical Database. International Journal of Lexicography. 1990;3:235–312.
Arif, S. N. H. Isolation of Endophytic Fungi From Patchouli Leaves (Pogostemon cablin Benth.) As Antibacterial Against Pathogenic Bacterial by Bioautography and Agar Diffusion’. Journal Microbiology Science. 2023;3(1):26.
Mardin, H., Syamsul., Husain, I. H., Akbar, M. N. Isolasi dan Identifikasi Jamur Mikroskopis Pada Ampas Sagu (Metroxylon sagu Rottb.) Sebagai Sumber Belajar Biologi SMA. Jurnal Pendidikan Biologi. 2022;7(1):121.
Alhadi, A., Zaelani, A., Andini, R., & Sulaiman, M. I. Optimasi Protokol Ekstraksi DNA Daun dari Pohon Jamblang dengan Kandungan Fenolik yang Tinggi Sebagai Sumber Bahan Nutrasetikal Potensial. Jurnal Ilmiah Mahasiswa Pertanian. 2023;8(2):366.
Zulkarnain, M. I., et al. Identifikasi Molekuler Chlorella sorokiniana menggunakan Marka ITS dan 18S rDNA serta Produksi Karotenoid dengan Perlakuan Cahaya. Buletin Oseanografi Marina. 2023;12(2):156.
Dzikrina, H., et al. Penanda DNA: Uji Halal pada Makanan Olahan Daging Menggunakan Primer Multiplex PCR (Polymerase Chain Reaction). Jurnal Bios Logos. 2022;12(1):7.
Salsabila, N. et al. Penentuan Sekuens Terbaik untuk Gen COI pada Crocodylus rhombifer Menggunakan Software Perlprimer dan Primer Blast Sebagai Bentuk Praktikum Saat Pandemi Covid-19. Indonesian Journal of Science Learning. 2021;2(1):18.
Hermansyah, Sutami, N., & Miksusanti. Amplifikasi PCR Domain D1/D2 28S rDNA Menggunakan Primer ITS1 dan ITS4 Sampel DNA dari Candida tropicalis yang Diisolasi Dengan Metode Pendinginan. Indonesian Journal of Pure and Applied Chemistry. 2018;1(1):7.
Setyawati, R., Zubaidah, S. Optimasi Konsentrasi Primer dan Suhu Annealing dalam Mendeteksi Gen Leptin pada Sapi Peranakan Ongole (PO) Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Indonesian Journal of Laboratory. 2021;4(1):37.
Mawardi, A., Maury, H. K., dan Maladan, Y. Analisis Perbandingan Kualitas Produk Amplikon Gen PMSA-2 Antara Spesimen Spot Darah Kering dan Vena. Jurnal Biologi Papua. 2020;12(1):15.
Rahima, A., & Elfata, F. Pengembangan Epitop PMSA 1 Plasmodium falciparum Isolat Lokal Sikka Endemik Malaria’. Biocaster: Jurnal Kajian Biologi. 2022;2(3):161. https://doi.org/10.36312/bjkb.v2i3.108
Kurniawati, P., & Ranowati, R. Modul Biokimia Jilid 1. Program DIII Analis Kimia, Fakultas MIPA. Universitas Islam Indonesia: Yogyakarta. 2018
Fachrial, E., Harmileni, dan Anggraini, S. Pengantar Teknik Laboratorium Mikrobiologi dan Pengenalan Bakteri Asam Laktat. 2022.
Sardi, A. Bioinformatic: Challenges in Intergrating Biological Information. Jurnal Biologi Tropis. 2022;22(4):1300.
Harvianto, A. F., Sutari, N. W., & Atmaja, I. W. D. Identifikasi Jamur Pada Pupuk Organik Cair (POC) Limbah Dapur di Desa Sanar Kauh. Agrotrop: Journal on Agriculture Science. 2022;12(1):144,152.
Zaunit, M. M., Verawati, Fera, O., & Zalri, D. F. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Endofit Dari Daun Pauh (Mangifera indica Miq.) Serta Uji Aktivitas Antimikroba. Jurnal Katalisator. 2022;7(2):385.
Afrianti, R. Wardi, E. S., Putri, A. H., & Suryani S. Barcode DNA Tanaman Mengkudu (Morinda citrifolia L.) Berdasarkan Gen ITS (Internal Transcribed Spacer). Jurnal Katalisator. 2023;8(1):124.
Sari, N., Fitri, F., Nurseha, T., Suliansyah, I., & Purwati, E. Penentuan Spesies Bakteri Asam Laktat (BAL) Melalui Analisis Sekuen Gen 16S rRNA dan Pendekatan Bioinformatika. Prosiding Seminar Nasional, Sains dan Teknologi Terapan. 2022;5:562.
Unduhan
Diterbitkan
Terbitan
Bagian
Lisensi
KEBIJAKAN HAK CIPTA
Journal Microbiology Sciences (JMS) merupakan jurnal akses terbuka yang diterbitkan dengan tujuan untuk menginformasikan dan mempublikasikan hasil penelitian untuk perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi khususnya dalam bindang mikrobiologi secara bebas untuk publik mendukung pertukaran pengetahuan global yang lebih besar. Semua artikel dapat diunduh secara gratis. Artikel yang diterbitkan dalam Jurnal adalah artikel Akses Terbuka yang didistribusikan di bawah Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
Manfaat akses terbuka bagi penulis, antara lain:
- Artikel akses gratis dan tersedia secara online dan permanen.
- Penulis memegang hak cipta atas karya mereka.
- Peningkatan visibilitas dan pembaca.
- Tidak ada batasan spasial.
Bagi pembaca untuk menjadi penulis, Tidak ada batasan ruang untuk materi tambahan termasuk gambar, data ekstensif, maupun rekaman video. Dimungkinkan pembaca untuk membaca, mengunduh, mengutip, mendistribusikan, mencetak, mencari, atau menautkan ke teks lengkap dan memungkinkan pembaca menggunakannya untuk tujuan lain yang sah.
HAK CIPTA
Pengajuan manuskrip menyiratkan bahwa karya yang diajukan belum pernah dipublikasikan sebelumnya (kecuali sebagai bagian dari tesis, laporan, atau abstrak), tidak sedang dalam pertimbangan untuk publikasi di tempat lain, dan telah disetujui oleh semua penulis bersama. Setelah manuskrip diterima untuk publikasi, penulis mempertahankan hak cipta atas karya mereka dan memberikan lisensi kepada Journal Microbiology Science (JMS) untuk mendistribusikan karya tersebut di bawah lisensi Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License. Lisensi ini memungkinkan pihak lain untuk berbagi (menyalin dan mendistribusikan materi dalam media atau format apa pun) dan mengadaptasi (meremix, mengubah, dan mengembangkan materi untuk tujuan apa pun, termasuk tujuan komersial) dengan syarat memberikan atribusi yang tepat kepada penulis asli, menunjukkan perubahan yang dilakukan, dan mendistribusikan karya turunan di bawah lisensi yang sama. Penulis disarankan untuk mengelola hak kekayaan intelektual, termasuk paten, untuk setiap penemuan baru sebelum publikasi.
DISCLAIMER
Tidak ada tanggung jawab yang ditanggung oleh penerbit dan penerbit bersama, atau oleh editor untuk setiap cedera dan / atau kerusakan pada orang atau properti sebagai akibat dari pernyataan aktual atau dugaan fitnah, pelanggaran hak kekayaan intelektual atau hak privasi, atau kewajiban produk, baik sebagai akibat dari kelalaian atau sebaliknya, atau dari penggunaan atau pengoperasian ide, instruksi, prosedur, produk atau metode yang terkandung dalam materi di dalamnya.
Journal Microbiology Science by Faculty of Pharmacy Universitas Muslim Indonesia is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
